E' l'anno 2356. 189 anni sono passati da quando un'onda elettromagnetica causata dall'esplosione di una SuperNova ha danneggiato la terra estinguendo il 90% dei suoi abitanti. Quasi due secoli più tardi l'umanità ha faticosamente ricostruito ciò che era andato distrutto e sono state create delle stazioni spaziali preposte a difesa della terra.
Infatti una nuova minaccia si profila all'orizzonte, ovvero l'arrivo di una seconda onda elettromagnetica che minaccia nuovamente tutti gli esseri umani.
Shima Katase è una giovane allieva che si reca nell'accademia astronautica della stazione spaziale Stellvia per poter volare nell'universo e vedere il cielo come lo vedevano i suoi antenati. Ben presto però si troverà di fronte alle difficoltà che l'addestramento impone, mentre la minaccia della seconda onda si profila all'orizzonte.

Neo-Tokyo Anime è finalmente lieta di presentarvi la sua versione di uno dei migliori Anime realizzati negli ultimi anni, particolare anche per il fatto che è stato realizzato dallo Studio Xebec e da Uno Makoto al Chara Design, gli stessi di Love Hina.