Misaki Suzuhara è una sedicenne che si è appena trasferita a Tokyo per andare a vivere con la zia. Durante l'arrivo in città viene a conoscenza di un nuovo fenomeno di mercato chiamato Angelic Layer dove una persona può costruire a suo piacimento una bambola e farla muovere come desidera in un' apposito campo chiamato "layer". In questi campi si sfidano numerosi possessori di queste bambole per stabilire quale sia la più forte. Misaki conosce anche un certo Icchan che pare essere coinvolto in questo progetto "Angelic Layer", infatti sembra che lei abbia le caratteristiche per diventare una delle più forti giocatrici di tutti i tempi.